ストーリーは、原作「天狐」「妖怪大裁判」「妖怪列車」の3エピソードをベースにしつつ、人間の少女と鬼太郎の淡い恋路などの要素を織り交ぜたオリジナルストーリーとなっている。
ゲゲゲの鬼太郎(2007)のあらすじ
ゲゲゲの森。そこでは鬼太郎をはじめとする妖怪たちが暮らしていた。
茶谷建設が強引に建設を進めるレジャーランド計画によって立ち退きを迫られている近くの団地では、妖怪が出現して転居を拒む住民を脅かしていた。それは茶谷建設に雇われて強引な住民対策を行っていたねずみ男（大泉洋）が手引きをしていたのだった。団地に住む少年・三浦健太は鬼太郎（ ウエンツ瑛士 ）に手紙を出して助けを求める。
鬼太郎に悪事を悟られたねずみ男は退散するがその帰り道、ねずみ男は廃墟の稲荷社殿の地下で光り輝く謎の石を見つけ、宝石と思い質屋に売ってしまった。だが、その石こそ邪悪な妖怪や人間の怨念が凝縮された「妖怪石」だった。さらには質屋が目を離した隙に、たまたま店を訪れていた健太の父が石の魔力に拐かされて石を盗んでしまった。石を管理していた妖狐一族の空狐（橋本さとし）は怒り狂い、配下の気狐を従えて石の在処を追う。しかし空狐の本心は、これを機に石の力を使って人間を支配しようという魂胆だった。
善と悪、様々な妖怪達を巻き込む鬼太郎の史上最大のピンチの戦いが今、始まろうとしていた。
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